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Le service de transcriptomique spatiale de GENXMAP combine imagerie histologique et séquençage nouvelle génération (NGS) pour analyser l'expression génique tout en préservant le contexte spatial des tissus. Contrairement aux méthodes traditionnelles qui perdent l’information sur l’organisation cellulaire, cette technologie innovante localise les transcrits d'ARN à des emplacements précis au sein de l'architecture tissulaire.
En offrant une vue détaillée de la variation de l'expression génique entre différents types de cellules dans leur environnement natif, ce service permet aux chercheurs d'explorer des questions biologiques complexes comme le développement des organes, la réponse immunitaire ou les mécanismes pathologiques. Avec GENXMAP, bénéficiez d'une solution puissante pour approfondir la compréhension des interactions cellulaires et microenvironnements, ouvrant la voie à des découvertes significatives en recherche et médecine personnalisée.
Pure RNA, Unlocking Precision Analysis
Révélez l'Expression Spatiale
Découvrez la Révélation Spatiale de l'Expression avec GENXMAP. Cette approche innovante capture l'expression génique en préservant la complexité tissulaire, offrant une vue précise des dynamiques biologiques. Idéale pour des découvertes significatives dans divers domaines de la recherche.
Avantages de la Transcriptomique Spatiale
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Résolution Spatiale : Localisation précise de l'expression génique, liant signatures moléculaires à leur contexte spatial dans le tissu.
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Préservation Tissulaire : Maintien de l'intégrité structurale du tissu pour une analyse combinée de l'expression génique et de l'histopathologie.
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Analyse de l'Hétérogénéité : Identification de l'hétérogénéité cellulaire et des variations spatiales, essentielle pour des tissus complexes comme les tumeurs ou les régions cérébrales.
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Combinaison Imagerie/Séquençage : Fusion de données d'imagerie haute résolution avec des profils transcriptomiques pour une vue complète du tissu.
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Compréhension Améliorée des Maladies : Identification des motifs d'expression génique liés à la progression de la maladie, pour des aperçus plus précis sur la pathologie spécifique aux tissus.
Applications de la Transcriptomique Spatiale
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Recherche sur le Cancer : Étudie les microenvironnements tumoraux pour comprendre les interactions entre différentes régions tumorales et cellules voisines.
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Neurosciences : Cartographie l'expression génique dans le cerveau, révélant la régulation spatiale associée aux différentes régions cérébrales et maladies neurologiques.
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Biologie du Développement : Analyse les changements d'expression génique au cours du développement, montrant l'organisation et la différenciation cellulaire.
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Immunologie : Étudie les réponses immunitaires et les dynamiques spatiales des cellules immunitaires.
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Découverte de Médicaments : Évalue l'impact spatial des médicaments sur les tissus, permettant de mieux comprendre les réponses thérapeutiques et les mécanismes de résistance.
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Médecine Régénérative : Examine l'organisation des cellules dans les tissus en régénération pour guider les recherches en ingénierie tissulaire et cellules souches.
Des Services optimisés et transparents
Nos processus Go/No-Go vous permettent de suivre l'avancement de votre projet en temps réel. À chaque étape, vous validez le passage à la suivante, assurant un contrôle total et garantissant une transparence maximale tout au long du processus.
Nos délais optimisés garantissent une exécution rapide et efficace de chaque projet, tout en respectant vos exigences spécifiques. Ce système assure une gestion proactive du temps, minimisant les retards et maximisant la productivité pour obtenir des résultats conformes à vos attentes.
Nos processus sur mesure sont conçus pour répondre aux besoins uniques de chaque projet, offrant flexibilité et suivi personnalisé. Ce système garantit un contrôle rigoureux tout en assurant des résultats précis et en adéquation avec vos attentes.
Nos analyses détaillées garantissent des résultats fiables et approfondis, adaptés à chaque étude. Grâce à des outils de pointe et des méthodologies éprouvées, nous offrons une compréhension précise des données génétiques, tout en respectant les plus hauts standards de qualité et de rigueur scientifique.
Details du Service
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Nous définissons clairement vos objectifs scientifiques pour guider votre étude,
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Identification des objectifs de recherche : Vous expliquerez vos objectifs scientifiques, pour comprendre les objectifs de votre étude.
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Identification des types d'échantillons : Vous nous précisez les types d’échantillons que vous souhaitez analyser, ce qui nous permet d'adapter le processus de préparation et de séquençage. Accompagnement dès la fixation de votre échantillon.
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Estimation du budget et du calendrier
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Validation du budget : Nous vous fournissons une estimation claire du coût du projet en fonction de la méthodologie choisie, du nombre d’échantillons, de la couverture nécessaire et des analyses bioinformatiques supplémentaires.
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Planification temporelle : Une estimation du délai pour la préparation des échantillons, le séquençage, et l’analyse bioinformatique est partagée, avec des points de contrôle réguliers pour suivre l’avancement.
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Suivi et soutien continu
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Accompagnement dans le suivi : Une fois le projet lancé, nous vous accompagnons tout au long du processus, de la récolte des données brutes au soutien bioinformatique pour interpréter les résultats, avec des rapports personnalisés et des recommandations pour les prochaines étapes.
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Séquençage haut débit (Next-Generation Sequencing - NGS) : GENXMAP utilise les plateformes suivantes :
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NovaSeq (Illumina)
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Avantages :
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Séquençage rapide et précis de grandes quantités d'ADN provenant de diverses sources environnementales ou biologiques.
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Offre une couverture et une profondeur élevées pour une détection précise des micro-organismes présents.
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MiSeq (Illumina)
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Avantages:
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Haute précision : La technologie de séquençage par synthèse d’Illumina est réputée pour son faible taux d’erreurs, ce qui est idéal pour des analyses nécessitant une grande précision, comme les études de variations génétiques.
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Rapid Turnaround: Quick run times enable timely results for urgent projects.
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Oxford Nanopore technology
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Avantages:
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Longues lectures : ONT permet de générer des lectures très longues (jusqu’à plusieurs centaines de kb), ce qui est précieux pour l’étude des régions complexes du génome, des génomes entiers et des transcrits complets sans fragmentation.
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Real-Time Data: Immediate analysis as sequencing occurs, providing instant insights.
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Étape 0 >> Contrôle de réception des échantillons.
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Étape 1 >> Préparation des Échantillons :
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Extraction du tissu d'intérêt (par exemple, biopsies, organes, etc.).
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Fixation rapide du tissu pour préserver l'architecture cellulaire (par exemple, en utilisant de la paraformaldéhyde).
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Coupe du tissu en tranches fines (généralement 5-10 µm) à l'aide d'un microtome ou d'un cryostat.
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Étape 2 > Imagerie histologique
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Réalisation d'une imagerie histologique pour visualiser la structure du tissu et aider à la cartographie des zones d'intérêt pour l'analyse.
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Coloration des sections pour mieux distinguer les différentes structures tissulaires
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Étape 3 >> Capture de l'ARN spatial :
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Dépose des sections tissulaires sur une surface de capture spéciale (comme une puce ou une membrane avec des sondes spécifiques pour chaque région).
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Les transcrits d'ARN présents dans le tissu sont capturés et associés à des barcodes spatiaux, permettant de maintenir l'information de localisation.
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Étape 4 >> Extraction et rétrotranscription de l'ARN :
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L'ARN capturé est extrait et converti en ADN complémentaire (ADNc) via une rétrotranscription.
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Les ADNc sont marqués avec des barcodes spécifiques aux emplacements dans le tissu.
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Étape 5 : Amplification de l'ADNc :
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Amplification de l'ADNc pour augmenter la quantité de matériel génétique prêt à être séquencé.
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Étape 6 >> Analyse des données :
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Construction de la librairie de séquençage :
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Préparation de la librairie en ajoutant des adaptateurs nécessaires pour le séquençage, permettant d'identifier les transcrits et leur position dans le tissu.
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Étape 7 >> Séquençage :
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Séquençage de la librairie d'ADNc à l'aide de plateformes de séquençage haut débit (ex: Illumina)
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Étape 8 >> Analyse des données
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Contrôle de qualité des données :
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Vérification de la qualité des séquences (identification des cellules ou zones de faible qualité, suppression des artefacts).
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Évaluation de la couverture et de l'intégrité des transcrits.
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Filtrage des données :
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Élimination des cellules mortes ou de faible qualité.
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Normalisation des données pour compenser les biais techniques (ex. : effets de capture ou de séquençage).
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Cartographie spatiale :
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Attribution des transcrits à leurs positions spécifiques dans le tissu à l'aide des barcodes spatiaux.
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Visualisation des données sous forme de cartes d'expression génique avec des outils de visualisation spatiale.
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Réduction dimensionnelle :
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Application de méthodes comme PCA, t-SNE ou UMAP pour réduire la complexité des données et visualiser la variation de l'expression génique dans le tissu.
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Clustering cellulaire :
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Identification de groupes de cellules présentant des profils d'expression génique similaires, en tenant compte de leur position dans le tissu.
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Définition de sous-populations cellulaires et exploration de leurs rôles fonctionnels.
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Analyse différentielle :
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Comparaison de l'expression génique entre différentes zones ou types cellulaires du tissu.
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Identification des gènes différentiellement exprimés selon les régions spatiales.
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Annotation des types cellulaires :
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Identification et attribution des types cellulaires en fonction de leurs profils d'expression génique.
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Utilisation de bases de données ou de marqueurs connus pour annoter les types cellulaires présents.
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Analyse des interactions cellulaires :
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Étude des interactions entre les cellules à travers les ligands et récepteurs (utilisation d'outils comme CellPhoneDB ou CellChat).
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Exploration des microenvironnements et des réseaux d'interactions spatiales.
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Pathways et analyse fonctionnelle :
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Identification des voies biologiques et des processus fonctionnels associés aux régions tissulaires spécifiques.
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Enrichissement des analyses en utilisant des bases de données de voies comme KEGG, Reactome ou GO.
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Trajectoires cellulaires (pseudotemps) :
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Étude des transitions cellulaires, par exemple, lors de la différenciation ou de la réponse au stress, en utilisant des algorithmes comme Monocle ou Slingshot.
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Pour en savoir plus, n'hésitez pas à aller vers notre page "Analyses bioinformatique & biostatistique"
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Étape 7 >> Livraison des Résultats :
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Formats de Résultats : Fourniture de fichiers bruts (FASTQ), assemblages, résultats taxonomiques, analyses fonctionnelles et métadonnées.
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Rapport Détaillé : Comprend un résumé des résultats, des visualisations (graphiques, arbres phylogénétiques), une interprétation biologique et des recommandations pour les étapes suivantes.
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Modes de Livraison : Accès via une plateforme en ligne sécurisée, envoi par email ou réunion de présentation des résultats.
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Suivi et Support : Assistance post-livraison pour clarifications, révisions ou analyses complémentaires.
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Délais de Livraison : Généralement entre 3 à 6 semaines, en fonction de la complexité du projet.
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GENXMAP, votre partenaire de confiance pour vous soutenir dans vos recherches
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