GENXMAP propose un service de séquençage d'ARN sur cellules uniques (ScRNAseq), offrant une vue détaillée de l'expression génique à l'échelle cellulaire à partir de tissus ou de populations cellulaires. Cette méthode permet d'analyser les niveaux d'ARN, d'identifier les gènes à expression variable et d'explorer des mécanismes complexes comme la régulation génétique, pour une compréhension approfondie des processus biologiques.
GENXMAP accompagne ses clients à chaque étape du ScRNAseq, de la préparation des échantillons à l’analyse des données. Nous offrons des conseils techniques pour garantir la qualité des échantillons, assurons un séquençage de haute précision grâce à des technologies avancées, et fournissons des outils pour interpréter les résultats. Cette approche intégrée maximise l’impact des recherches en proposant un soutien personnalisé tout au long du processus.
Pure RNA, Unlocking Precision Analysis
Révélez L'hétérogénéité Cellulaire
Explorez l'hétérogénéité cellulaire en toute simplicité avec notre service de séquençage d'ARN sur cellules uniques. Profitez d'une résolution optimale pour révéler des détails inaccessibles aux analyses globales.
Un panel de technologies avancées
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10X Genomics : Propose des solutions à haut débit et évolutives pour analyser des milliers de cellules par échantillon, offrant des informations détaillées sur l'expression génique au sein de grandes populations cellulaires. (Utilisé pour les souris et les humains)
Avantages du scRNAseq
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Résolution à l'échelle cellulaire : Analysez l'expression génique dans des cellules individuelles, révélant l'hétérogénéité cellulaire qui serait masquée par le RNA-Seq en vrac, et mettant en lumière la complexité des échantillons de tissus.
GENXMAP, votre partenaire de confiance pour vous soutenir dans vos recherches
Des Services optimisés et transparents
Nos processus Go/No-Go vous permettent de suivre l'avancement de votre projet en temps réel. À chaque étape, vous validez le passage à la suivante, assurant un contrôle total et garantissant une transparence maximale tout au long du processus.
Nos délais optimisés garantissent une exécution rapide et efficace de chaque projet, tout en respectant vos exigences spécifiques. Ce système assure une gestion proactive du temps, minimisant les retards et maximisant la productivité pour obtenir des résultats conformes à vos attentes.
Nos processus sur mesure sont conçus pour répondre aux besoins uniques de chaque projet, offrant flexibilité et suivi personnalisé. Ce système garantit un contrôle rigoureux tout en assurant des résultats précis et en adéquation avec vos attentes.
Nos analyses détaillées garantissent des résultats fiables et approfondis, adaptés à chaque étude. Grâce à des outils de pointe et des méthodologies éprouvées, nous offrons une compréhension précise des données génétiques, tout en respectant les plus hauts standards de qualité et de rigueur scientifique.
Details du Service
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Nous définissons clairement vos objectifs scientifiques pour guider votre étude, qu’il s’agisse d’analyser des marqueurs spécifiques via RT-qPCR ou d’explorer plus en profondeur avec des analyses comme le Bulk RNA-seq ou le single-cell RNA-seq. Chaque approche est adaptée à vos besoins pour maximiser la pertinence et la précision des résultats.
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Vous nous précisez les types d’échantillons que vous souhaitez analyser (tissus, cellules, échantillons environnementaux...), ce qui nous permet d’adapter le processus d’extraction pour garantir la qualité et la précision des résultats.
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Sélection de la méthodologie : En fonction de vos objectifs, nous vous conseillons sur la méthode la plus appropriée pour l'extraction et le choix d'une approche exploratoire ou ciblée.
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Planification du projet et personnalisation :
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Ciblage spécifique ou séquençage global : Si nécessaire, nous élaborons un panel spécifique pour cibler des gènes ou groupes d'intérêt particuliers, ou optons pour une approche globale pour analyser la diversité génétique dans son ensemble.
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Estimation du budget et du calendrier
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Validation du budget : Nous vous fournissons une estimation claire du coût du projet en fonction de la méthodologie choisie, du nombre d’échantillons, de la technique d'analyse choisie
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Planification temporelle : Une estimation du délai pour la préparation des échantillons, et les analyses transcriptomiques (exploratoire ou ciblée) est partagée, avec des points de contrôle réguliers pour suivre l’avancement.
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Suivi et soutien continu
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Accompagnement dans le suivi : Une fois le projet lancé, nous vous accompagnons tout au long du processus, de la récolte des données brutes au soutien bioinformatique pour interpréter les résultats, avec des rapports personnalisés et des recommandations pour les prochaines étapes.
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Technologies disponibles pour le scRNAseq:
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10X Genomics
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Séquençage haut débit (Next-Generation Sequencing - NGS):
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NovaSeq (Illumina)
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Avantages :
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Séquençage rapide et précis de grandes quantités d'ADN provenant de diverses sources environnementales ou biologiques.
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Offre une couverture et une profondeur élevées pour une détection précise des micro-organismes présents.
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Étape 0 >> Contrôle de réception des échantillons.
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Evalution visuelle en quantité, qualité
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Rapport et décision client "Go / No-Go" pour la suite du processus
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Étape 1 >> Préparation des Échantillons :
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Isolement des cellules individuelles à partir de tissus ou de cultures cellulaires (frais ou fixés).
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Encapsulation ou séparation des cellules : Capture des cellules individuelles à l'aide de technologies comme microfluidiques, gouttelettes ou plaques à puits multiples.
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Lyse cellulaire : Extraction des ARN messagers (ARNm) de chaque cellule.
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Rétrotranscription : Conversion des ARNm en ADN complémentaire (ADNc).
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Barcodage et amplification : Ajout de codes-barres spécifiques pour identifier les cellules individuelles et amplification de l'ADNc
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Étape 2 >> Préparation des librairies
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Construction de la librairie : Préparation des fragments d'ADNc pour le séquençage, incluant l'ajout d'adaptateurs.
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Contrôle qualité (Qubit, Fragment analyzer)
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Étape 3 >> Séquençage
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Lecture des séquences d'ADNc à l'aide de plateformes de séquençage haut débit. Selon la technologie choisie (Illumina, Oxford Nanopore), nous procédons au séquençage sur la plateforme adaptée.
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Étape 4 >> Contrôle qualité en temps réel : Surveillance du processus de séquençage pour garantir l'absence d’erreurs techniques et garantir la qualité des données générées.
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Étape 5 >> Analyse des Données : Nous proposons différents niveaux d'analyse: primaire, secondaire ou tertiaire en fonction de vos besoins. Nous proposons avec nos partenaire divers types d'analyses telles que:
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Qualité des données : Vérification de la qualité des séquences (contrôle des séquences brutes, détection des cellules et des gènes pertinents, exclusion des cellules mortes ou endommagées).
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Filtrage et normalisation : Élimination des artefacts techniques et ajustement des données pour des comparaisons fiables entre cellules.
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Réduction dimensionnelle : Utilisation de méthodes comme PCA (analyse en composantes principales), t-SNE ou UMAP pour visualiser les variations globales des données.
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Clustering cellulaire : Identification de groupes de cellules avec des profils d'expression génique similaires, correspondant souvent à des types ou états cellulaires distincts.
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Identification des marqueurs : Détection des gènes spécifiques aux différents clusters ou types cellulaires.
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Analyse différentielle : Comparaison des niveaux d'expression génique entre conditions, clusters ou types cellulaires.
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Annotation des types cellulaires : Attribution des identités cellulaires en fonction des marqueurs spécifiques connus ou des bases de données.
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Trajectoire cellulaire et pseudotemps : Étude des transitions et des processus dynamiques (par exemple, différenciation cellulaire) via des algorithmes comme Monocle ou Slingshot.
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Analyse des voies et réseaux : Exploration des voies biologiques, interactions moléculaires et processus fonctionnels associés à des clusters spécifiques.
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Interactions intercellulaires : Identification des communications potentielles entre les cellules à travers l'analyse des ligands et récepteurs (outils comme CellPhoneDB ou CellChat).
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Comparaison inter-échantillons : Étude des variations entre différents échantillons, conditions expérimentales ou espèces.
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Pour en savoir plus, n'hésitez pas à aller vers notre page "Analyses bioinformatiques & biostatistiques"
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Étape 6 >> Livraison des Résultats :
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Formats de Résultats : Fourniture de fichiers bruts (FASTQ), + rapports détaillés des analyses bioinformatiques (si option choisie).
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Modes de Livraison : Accès via une plateforme en ligne sécurisée, envoi par email ou réunion de présentation des résultats.
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Suivi et Support : Assistance post-livraison pour clarifications, révisions ou analyses complémentaires.
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Délais de Livraison : Généralement entre 3 à 6 semaines, en fonction de la complexité du projet.
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scRNAseq sur cellules fraiches ou fixées
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Nos autres solutions
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